Mısır'ın işgal altında olduğunu duyan Cezzar Ahmed Paşa, önce bulunduğu bölge Sayda'yı kuvvetlendirme çalışmalarına başladı. Napolyon'un Mısır işgalini öğrenen İngilizler bir donanma hazırlayıp, Horatio Nelson amiralliğinde Mısır'a gönderdi. İngiliz donanması, Napolyon'un donanmasına Abukır'da ani bir baskın yaparlar ve donanmanın bir bölümünü batırırlar ve donanmanın bir bölümünüde esir alırlar. Tarihi kayıtlarda Nil Savaşı diye geçmektedir. İlgilizlerin bu ani saldırısı Napolyon'un başlattığı Mısır savaşını bitirmiş oldu.
Napolyon'un donanması azaldığından ve Fransa'dan da uzak kaldığından kendisine sığınacak bir liman aradı. Sayda'da bulunan Akka kalesini almak için donanmasıyla buraya doğru 10 Şubat 1799'da yola çıkar. İngiliz donanması da Akka kalesinin önüne konuşlanmıştı.
Napolyon 20 Şubat'ta Elariş Kalesi'ni ele geçirir ve yoluna devam eder. 24 Şubat'ta Gazze'yi, 5 Mart'ta da Yafa'yı ele geçirir ve yoluna devam eder. Napolyon'nun ordusu Akka kalesi önlerine geldiğinde kaleyi her taraftan kuşatmaya başlar. Napolyon, Akka kalesi komutanı Cezzar Ahmed Paşa'ya iki sefer elçiler yollar. Cezzar Ahmed Paşa gelen elçileri idam ettirir. Bunun üzerine Napolyon kaleye saldırıya geçer. İngiliz donanmasında, Cezzar Ahmed Paşa'ya yardım için Napolyo'un donanmasına topçu ateşi yapıyordu. Kuşatmanın 52. gününde, Rodos Adası'ndan yardıma gelen 3000 kadar Nizam-ı Cedid askeri ile kale savunması güçlenir. Kuşatmanın 64. gününde, Napolyon geri çekilme kararı alır ve "Paris Barış Senedi" imzalanarak savaş son bulur.
AKKA MUHAREBESİ 1789-1799 III. SELİM DÖNEMİ
Napolyon, Mısır'ın alınırsa tüm Afrika Kıtası'nı hiç zorlanmadan ele geçireceğini düşünüyordu. Bu planını hayata geçirebilmek için Napolyon,19 Mayıs 1798 tarihinde Tolon Limanı'ndan donanmasıyla ayrılarak Mısır seferini başlattı. Paris'teki Türk elçiliği Napolyon'un bu saldırı planın öğrendi ve bu saldırıyı durdurmak için ellerinden geleni yaptılar ama başarılı olmadılar. Napolyon ilk başta Malta Adası'nı ele geçirdi. Daha sonra İskenderiye Limanı'nı ele geçirir ve Kahire'ye doğru yola çıkar. Kahire'ye varan Napolyon burada halkın savunmasını bastırır.

